Tokyo Museum Map 東京美術館マップ

Updated February 15, 2023.

There are hundreds of museums in the greater Tokyo area. As of current count there are 520 museums in the map that I created some years ago and update from time to time. The ones I’ve listed below I’ve either visited or have had some intention to visit. But I’ve just scratched the surface, given how many there are!

(As noted in the about page, this blog was originally created to share information about Tokyo’s museums, which was my initial gateway for learning about the city’s rich history and culture.)

Click on the map below for the most current list of museums in Tokyo and beyond…

Click HERE for google map of Tokyo museums:

Interior of Electric Tobu Railway Trolley (1924) — Tokyo Gas advertisement – Charlie Sheen & a bunny rabbit

Tokyo Gas advertisement – Charlie Sheen & a bunny rabbit

Reviewed

Museum list includes:

Buildings, Architecture & Design:

21_21 Design Sight (map)
Architectural Institute of Japan （社）日本建築学会
Archi-Depot 建築倉庫 (Citylab article) (map)
Edo-Tokyo Open Air Architectural Museum (Edo-Tokyo Tatemono-en) 江戸東京たてもの園 (mentioned)(map)
Lifestyle Design Center 世田谷文化生活情報センター生活工房
Japan Open-Air Folk House Museum 川崎市立日本民家園は (Kawasaki City)
Fukagawa Edo Museum (Fukagawa Edo Shiryokan) 深川江戸資料館 / 深川博物館 (map)
Kodaira Furusato-mura 小平ふるさと村 (old building village)
Musashino Municipal Musashino Furusato History Museum 武蔵野市立武蔵野ふるさと歴史館 (old houses)
旧東方村中村家住宅 old house (Saitama)
See also: The Top 10 Buildings in Tokyo 建築めぐり東京

Art Museums:

Ancient Orient Museum 古代オリエント博物館
Accessories Museum 「アクセサリーミュージアム」
Aizu Museum 早稲田大学會津八一記念博物館
Bridgestone Museum of Art
Chiba City Art Museum 千葉市美術館 (Chiba, Japan)
Chichibu Museum of Art
Chihiro Art Museum Tokyo ちひろ美術館・東京 (map)
Fuchu Art Museum 府中市美術館
Hara Museum of Contemporary Art 原美術館
Hasegawa Machiko Art Museum 長谷川町子美術館
Hikarigaoka Museum of Art
Idemitsu Museum of Arts 出光興産
Isseido Museum 一誠堂美術館: Art Nouveau lamps アール・ヌーヴォーのランプ
Itabashi Art Museum 板橋区立美術館
Japanese Sword Museum 刀剣博物館
Kawamura Memorial DIC Museum of Art DIC川村記念美術館 (Chiba; map)
Meguro Museum of Art 目黒区美術館
Mitaka City Gallery of Art 三鷹市美術ギャラリーs
Mitsubishi Ichigokan Museum 三菱一号館美術館 (map)
Morikazu Kumagai Museum 区立熊谷守一美術館
Mukai Junkichi Annex 向井潤吉アトリエ館 (painter of old Japanese farmhouses)
Museum at Tamada Projects （株）タマダプロジェクトコーポレーション
Matsuoka Museum of Art 松岡美術館では (Minato-ku; map)
Mitsubishi Ichigokan Museum 三菱一号館美術館
MORI ART MUSEUM 森美術館 (Roppongi Hills)
MORI Building Digital Art Museum: EPSON teamLab Borderless/ 森ビルデジタルアートミュージアム：エプソンチームラボボーダレス (Odaiba)
Musashino Shiritsu Kichijoji Museum 武蔵野市立吉祥寺美術館 (Kichijoji Art Museum)
Musee Tomo 菊池寛実記念智美術館
Museum of Contemporary Art (MOT) 東京都現代美術館 (Koto-ku) (map)
Museum of Modern Art, Saitama 埼玉県立近代美術館 / MOMAS モマス (map)
Nakamurajunji Art Museum 中村順二美術館
National Museum of Modern Art 東京国立近代美術館
National Museum of Modern Art Crafts 東京国立近代美術館工芸館
National Art Center, Tokyo (NACT) 国立新美術館
Nerima Art Museum 練馬区立美術館
New Otani Art Museum ニューオータニ美術館
Nezu Museum 根津美術館
Nihon University College of Arts, Art Museum 日本大学芸術学部芸術資料館
O Art Museum Ｏ美術館
Rokucho Museum Flora 六町ミュージアム・フローラ
Sato Museum 佐藤美術館: Japanese Paintings of Flowers and Greenery
Setagaya Art Museum 世田谷美術館
Seiji Togo Memorial Sompo Japan Nipponkoa Museum 東郷青児記念損保ジャパン日本興亜美術館 (map)
Seikadō Bunko Art Museum 静嘉堂文庫美術館 (books, artwork, and cultural artifacts)
Sekido Museum of Art 石洞美術館
Sekiguchi Museum 関口美術館 (Edogawa-ku; map)
Shiodome Museum Rouault Gallery パナソニック電工汐留ミュージアム
Shoto Museum of Art 渋谷区立松濤美術館
Sumida Hokusai Museum すみだ北斎美術館 (map)
Suntory Museum of Art
Takehisa Yumeji Museum & Yayaoi Museum 弥生美術館
Taro Okamoto Museum of Art 川崎市岡本太郎美術館
Taro Okamoto Memorial Museum 岡本太郎記念
Teramachi Art Museum 寺町美術館＋ギャラリー
Toguri Museum of Art 戸栗美術館
Tokyo Fuji Art Museum 東京富士美術館
Tokyo Metropolitan Teien Art Museum 東京都庭園美術館
Tokyo Metropolitan Art Museum 東京都美術館
Tokyo Station Gallery 東京ステーションギャラリー
Watari Museum of Contemporary Art ワタリウム美術館
Ukiyo-e Ota Memorial Museum of Art 太田記念美術館浮世絵
Institute of Contemporary Arts and International Exchange (Tokyo Wonder Sites):
Tokyo Wonder Site, Shibuya トーキョーワンダーサイト渋谷
Tokyo Wonder Site, Aoyama トーキョーワンダーサイト青山
Tokyo Wonder Site, Hondo トーキョーワンダーサイト本郷
Urawa Art Museum (Saitama) うらわ美術館 (map)
Yamazaki Museum 山崎美術館 (art) (Kawagoe, Saitama)
Yamatane Museum of Art 山種美術館
Yokohama Museum of Art 横浜美術館

Photography:

Hakone Museum of Photography 箱根写真美術館 (Hakone, outside Tokyo)
Izu Photo Museum
JCII Camera Museum 日本カメラ博物館
Machida City Museum of Photography 町田市役所フォトサロン
Nikon Museum ニコンミュージアム
Shotaro Akiyama Photo Art Museum 秋山庄太郎写真芸術館
Tokyo Wonder Site, Hondo トーキョーワンダーサイト本郷
Tokyo Metropolitan Museum of Photography 東京都写真美術館

Literature, Cartoons, Manga, Anime, Film:

Basho Museum 江東区芭蕉記念館
Century Museum センチュリーミュージアム (Century Cultural Foundation, CCF)
Dagashiya Game Museum 駄菓子屋ゲーム博物館 (Mom-and-Pop Candy Shop Games)
Dazai Osamu Literary Salon 太宰治文学サロン
Eisei Bunko Museum 永青文庫
Fujiko · F · Fujio Museum 藤子・F・不二雄ミュージアム (aka Doraemon Museum)
Ghibli Museum 三鷹の森ジブリ美術館
Ichiyo Higuchi Memorial Museum 一葉記念館 (near Yoshiwara, Taito-ku, Tokyo; map)
Ichiyō Higuchi Memorial Museum 文京一葉会館 (Bunkyo Ward)
Japan Calligraphy Museum 日本書道美術館 (Tokiwadai station)
Japan Library of Mystery Literature ミステリー文学資料館
Japan Stationery Museum 日本文具資料館
Keiko Oguro Memorial Hall of Nursery Rhymes 黒恵子童謡記念館
Machida citizen’s literature hall 町田市民文学館
Machida City Museum of Graphic Arts 町田市立国際版画美術館 (map)
Mitsuo Aida Museum 相田みつを美術館 (calligraphy / poetry)
Mori Ōgai Memorial Museum 文京区立森鷗外記念館 (literature)
Museum of Modern Japanese Literature 日本近代文学館
Nurie Museum ぬりえ美術館 (coloring book museum)
Saitama Municipal Cartoon House さいたま市立漫画会館
Saitama Museum of Literature さいたま文学館
* Setagaya Literary Museum 世田谷文学館
Suginami Animation Museum 杉並アニメーションミュージアム
Suginami poetry Museum すぎなみ詩歌館
Taito Ward Calligraphy Museum 台東区立書道博物館
Toei Animation Gallery 東映アニメーションギャラリー (currently closed)
Yamada Yoji Museum / 葛飾柴又寅さん記念館 (Tora-san museum) (Review)
Yayoi Museum 弥生美術館
YokoyamaTaikan Memorial Hall 史跡及び名勝横山大観旧宅及び庭園横山大観記念館 (painter’s residence) (map)
Yuzo Yamamoto Memorial Museum 三鷹市山本有三記念館

History, Food & Culture:

Ace World Bag & Luggage Museum エース世界のバッグ＆ラゲージ館
Agriculture Museum 東京農業大学「食と農」の博物館
Center of the Tokyo Raid and War Damages (Tokyo Air Raid Museum) 東京大空襲・戦災資料センター / (War Damage Archive Center) 東京大空襲・戦災資料センター
Communications Museum 逓信総合博物館ていぱーく
Daigo Fukuryu Maru Exhibition Hall 第五福竜丸展示館: fishing boat contaminated by nuclear fallout by USA nuclear test in 1954 (map)
Edo-Tokyo Museum 江戸東京博物館
Equine Museum of Japan 馬の博物館
Fire Museum 消防博物館 (Tokyo Fire Department Museum)
Isehan Honten BENI Museum, 伊勢半本店紅ミュージアム (Lipstick museum)
Iwatate Folk Textile Museum 岩立フォークテキスタイルミュージアム
Japan Folk Crafts Museum 日本民藝館
Japan Football Museum 日本サッカーミュージアム (soccer) (map)
Japanese Baseball Hall of Fame and Museum 野球殿堂博物館
Japan Coast Guard Museum, Yokohama 海上保安資料館横浜館
Japan Newspaper Museum (NEWSPARK) 新聞博物館
Japanese Overseas Migration Museum 海外移住資料館
Japanese Sake and Shōchū Information Center 日本の酒情報館
JRA Racing Museum JRA競馬博物館 (horse racing)
Kodenmacho Prison Museum 小伝馬町牢屋敷展示館
Machida City Museum civil rights freedom 町田市立自由民権資料館
Meiji University Museum 明治大学博物館
Miyagi Michio Memorial Hall 宮城道雄記念館 (Koto museum)
Memorial Museum for Soldiers, Detainees in Siberia, and Postwar Repatriates 平和祈念展示資料館 (War Museum)
* Nakagawa Funabansho Museum (Barge/Ship Guard Station) 中川船番所資料館 /江東区中川船番所資料館
National Museum of Japanese History 国立歴史民俗博物館
NHK Broadcasting Museum NHK放送博物館
Omiya Bonsai Museum
Omori Nori Museum 大森海苔のふるさと館 (Omori seaweed museum) (map)
Parliamentary Museum 憲政記念館
Postal Museum Japan 郵政博物館 (Sky Tree, Sumida-ku)
Banknote & Postage Stamp Museum お札と切手の博物館
Safe and Key Museum 金庫と鍵の博物館
School Lunch History Museum 学校給食歴史館
Shibusawa Eiichi Memorial Museum 渋沢史料館 (map)
Shin-Yokohama Raumen / Ramen Museum
Silk Road Museum 絹の道資料館
Samurai Museum サムライミュージアム (map)
Shōwa Era Lifestyle Museum 昭和のくらし博物館 (Ota-ku; map)
Showa Retro Packaging Museum: A little pop history
Showakan – National Showa Memorial Museum 昭和館
Showa-no-mori Museum 昭和の杜博物館
Sumo Museum
Tabi Museum 足袋の博物館 (Tokyo)
Tabi-to-kurashino Museum – “Tabi” 足袋 shoe museum / 足袋とくらしの博物館 (Saitama; map)
Taiko Drum Museum
Taito Shitamachi Museum Annex (Former Yoshidaya Liquor Shop) 下町風俗資料館付設展示場（旧吉田屋酒店）
Tokorozawa Aviation Museum 所沢航空発祥記念館 (Saitama)
Tokyo Metropolitan Police Museum 警察博物館
Tokyo Toy Museum 東京おもちゃ美術館
* Tsune Nakamura Atelier Museum 中村彝アトリエ / 新宿区立中村彝アトリエ記念館
Uemura Adventure Museum 植村冒険館 (Uemura Museum Tokyo) (Itabashi, map)
Yebisu Beer Museum ヱビスビール記念館
Yokoamicho Park （財）東京都慰霊協会) [Tokyo air raid memorial, Great Kanto Earthquake Restoration Museum 東京都慰霊堂 (map), Memorial Museum]
Yasukuni Shrine 靖国神社 or 靖國神社
* Yuzo Saeki Atelier Memorial Hall 佐伯祐三アトリエ記念館
Yukata Museum ゆかた博物館 (map)
Museum of Zen Culture & History 駒澤大学禅文化歴史博物館
Zoshigaya Missionary Museum (former Missionary home) 豊島区役所雑司が谷旧宣教師館

Historical sites (buildings, archaeological, etc.)

American Legation mark monument (historical marker) (map)
Higashitakane Ruins corner (mini-museum) t東高根遺跡の展示コーナー
Horinouchi Shell Heap 堀之内貝塚 (archaeological site)

Local Ward/City Museums:

Adachi Museum 足立区立郷土博物館
Asaka City Museum 朝霞市博物館 (Saitama)
Chiyoda City Hibiya Library & Museum 千代田区立日比谷図書文化館 (Chiyoda Ward Hibiya Library Cultural Center) (map)
Chuo Ward – Machikado Museum Project: a series of small museums in Chuo Ward (PDF)
Chuo ward: Time Dome Akashi (map)
Edogawa Local Library (museum) 江戸川区郷土資料室 (map)
Fuchu Local Forest Museum 府中市郷土の森博物館
Furusato Fuchu History Museum ふるさと府中歴史館
Fussa History Museum 福生市郷土資料室
Habutokyodo Museum / Habuto Local History Museum 羽太郷土資料館 (Yokohama)
Hamura Museum 羽村市博物
Higashiyamato Municipal Museum 東大和市立郷土博物館
Ichikawa Municipal Museum of History 市立市川歴史博物館 (Chiba)
Inba Numa Local History Museum 印旛歴史民俗資料館 (Chiba)
Itabashi Historical Museum 板橋区郷土資料館
Iwatsuki Local Museum (Saitama) さいたま市役所岩槻郷土資料館
Kawagoe City Museum 川越市立博物館
Kawasaki City Museum 川崎市市民ミュージアム
Kiyose City Local History Museum 清瀬市郷土博物館
Kokubunji Folklore Museum 国分寺市民俗資料室
Minato City Local History Museum 港区立三田図書館
Misato City municipal museum 三郷市郷土資料館 (Saitama)
Nishi-tokyo City Local History Museum 西東京市郷土資料室
Ome Township Land Museum 青梅市郷土博物館 (Ome Museum of Provincial History)
Ōta Ward Hometown History Museum / Folk Museum of Ota City 大田区立郷土博物館 (map)
Parthenon Tama Historical Museum パルテノン多摩歴史ミュージアム
Saitama Museum – City Museum さいたま市立博物館
Saitama Urawa Museum さいたま市立浦和博物館 (map)
Sayama City Museum 狭山市立博物館
Setagaya Ward Local Museum (History Museum) 世田谷区立郷土資料館
Shinjuku Historical Museum 新宿歴史博物館 (map)
Suginami Municipal Museum / Historical Museum 杉並区立郷土博物館 (map)
Suginami Ward Historical Museum branch 杉並区立郷土博物館分館（天沼弁天池公園内） (map)
Sumida Heritage Museum すみだ郷土文化資料館
Shibuya Folk and Literary Shirane Memorial Museum 白根記念渋谷区郷土博物館・文学館 (map)
Shinagawa Historical Museum 品川歴史館
Taito City Library 池波正太郎記念文庫
Tamagawadai Park Kofun Museum 多摩川台公園古墳展示室
Tokyo Metropolitan Archaeological Center 東京都埋蔵文化財センター (Tama Hills history)
Toshima Ward Museum 豊島区立郷土資料館
Urayasu folk museum 郷土博物館 (Chiba)
Yamazaki Memorial Nakano Ward Museum of History and Folklore 山﨑記念中野区立歴史民俗資料館 (map)
Yokoze Local History Museum 横瀬町歴史民俗資料館 (Saitama)

Science, Technology, Nature, & Economy:

Aeronautical Sciences Museum 航空科学博物館
Antarctic research ship “Soya” 南極観測船「宗谷」
Advertising Museum Tokyo アド・ミュージアム東京
Arakawa Museum of Aqua (AMOA) 北区役所荒川知水資料館
Archaeology Museum of Ichikawa 市立市川考古博物館
Centennial Museum of Tokyo University of Marine Science and Technology 東京海洋大学百周年記念資料館 (Koto-ku)
Chiba City Museum of Science 千葉市科学館
Chiba Museum of Science and Industry 千葉県立現代産業科学館 (Chiba; map)
Construction Technology History Museum, Shimizu Company 清水建設技術研究所
Construction Technology Museum 建設技術展示館 (Chiba – Kanto Regional Development Bureau Kanto Engineering Office)
Currency Museum (Bank of Japan) 貨幣博物館
Daimyo Clock Museum 大名時計博物館
Dry Woodwork Museum 乾燥木材工芸資料館
Earthquake Science Museum (Kita-ku) 東京都北区防災センター（地震の科学館）
Edo Broom Museum 「江戸箒（江戸ほうき）老舗」 (map)
Fossil Museum of Ogano おがの化石館
Furniture Museum 家具の博物館
Garbage Museum (Koto-ku) えこっくる江東
Gas Museum ガスミュージアム
Gas Science Center ガスの科学館 (Gas Kagakukan)
Gokinimono Museum 合金鋳物博物館 (Alloy casting museum)
Hamagin Space Science Center はまぎんこども宇宙科学館 (Yokohama)
Tokyo Hydrogen Museum 東京スイソミル (map)
Igarashi Kenji Commemorative Laundry Museum 五十嵐健治記念洗濯資料館 (Ota-ku) (map)
Ikebukuro Life Safety Learning Center 池袋防災館 (map)
Itabashi Science Education Museum 板橋区立教育科学館 (map)
Itabashi Tropical Environment Plant Museum 板橋区立熱帯環境植物館
Katsushika City Museum (astronomical museum) 葛飾区郷土と天文の博物館
Kawasaki Eco Gurashi Miraikan かわさきエコ暮らし未来館 (Kawasaki EcoLife museum For the Future)
Kawaguchi Science Museum ＳＫＩＰシティ埼玉県産業技術総合センター
Kawasaki Peace Museum 川崎市平和館
Kid’s Museum of Minerals こども鉱物館
Kigumi Museum 木組み博物館 (Timber Museum)
Kite Museum (Tako-no-Hakubutsukan) 凧の博物館
Konica Minolta Science Dome コニカミノルタサイエンスドーム
Honjo Disaster Prevention Kan (Life Safety Learning Center, Sumida-ku) 本所防災館
Makino Memorial Garden 練馬区立牧野記念庭園記念館 (botany)
Meguro Parasite Museum 財団法人目黒寄生虫館
Meiji Pharmaceutical Museum 明薬資料館（明治薬科大学）
Meiji-maru Museum 明治丸 (boat museum)
Miraikan 日本科学未来館 (National Museum of Emerging Science & Innovation), aka Tokyo Robot Museum (review) (map)
Mitsubishi Minatomirai Industrial Museum 三菱重工業（株）三菱みなとみらい技術館 (Yokohama)
Museum of Logistics 物流博物館
Museum of Marine Science, Tokyo University of Marine Science and Technology (Fisheries Museum) 東京海洋大学マリンサイエンスミュージアム (Minato-ku)
Museum of Maritime Science 船の科学館総務部 (Fune-no-kagakukan) (map)
Maritime Museum: Antarctic research ship “Soya” 南極観測船「宗谷」 (map) (photos)
National Hansen’s Disease Museum 国立ハンセン病資料館
National Museum of Nature and Science 国立科学博物館
National Astronomical Observatory of Japan
National Tax College Tax Museum 税務大学校租税史料室
Nature House 見沼自然の家 (Saitama)
Tokyo Sewerage Museum “Rainbow” 虹の下水道館東京都下水道局有明水再生センター見学説明室 (Odaiba) (map)
Museum of the Sewerage ふれあい下水道館 (Tokyo Sewerage Museum, Kodaira) (map)
Natural History Museum 梅澤濱夫記念館
NTT Technical History Museum NTT技術史料館
Oishi Fossils Gallery of Mizuta Memorial Museum, Josai University 城西大学水田記念博物館大石化石ギャラリー
Paper Museum 新聞博物館
Philatelic Museum 切手の博物館 (Stamp Museum)
Polar Science Museum 国立極地研究所南極・北極科学館
Printing Museum 印刷博物館
Ryogoku Fireworks Museum 両国花火資料館
Saitama City Youth Space Science Museum さいたま市青少年宇宙科学館 (Urawa, Saitama) (map)
Saitama Prefectural Museum of Nature 埼玉県立自然の博物館
Seiko Museum セイコー時計資料館 (Seiko Institute of Horology / clock & watch museum)
Shibuya City Botanical Gardens FUREA (Plant Friendship Center)渋谷区ふれあい植物センター
Shiroi Abacus Museum 白井そろばん博物館 (map)
Shunkaen Bonsai Museum 春花園盆栽美術館 / Kunio Kobayashi 小林國雄氏 (Edogawa-ku; map)
Space Museum TeNQ (Tokyo Dome City) 東京ドームシティ｜宇宙ミュージアム『TeNQ（テンキュー）』
Statistics Museum 統計資料館
Tama Rokuto Science Center 多摩六都科学館
Technology Museum 蔵前水の館 (Tokyo; map)
Technology Museum 相模川流域下水道事業記念館 (Chigasaki)
Tobacco & Salt Museum たばこと塩の博物館 (map)
Tojo Museum of History 松戸市戸定歴史館 (Chiba)
Tokyo Medicinal Plant Garden 東京都薬用植物園 (Kodaira, map)
Tokyo Rinkai Disaster Prevention Park 東京臨海広域防災公園
Tokyo University of Science Museum 東京理科大学近代科学資料館設立 (Museum of Science, TUS)
Tokyo Metropolitan Water Science Museum (Tokyo Water Museum) 東京都水の科学館 (map)
Tokyo Tech Museum and Archives 東京工業大学博物館
Tokyo Waterworks History Museum 東京都水道歴史館
Toshiba Science Museum 東芝未来科学館 (Future Science Museum)
TUAT Science Museum 東京農工大学科学博物館
Wadabori water supplying station (historical site)
Water intake pipe museum (Sosuiguchi Museum) 送水口博物館 (map)
Wood & Plywood Museum 木材・合板博物館 (map)
Yume-no-shima Tropical Greenhouse Dome 夢の島熱帯植物館

Railroads, Subways, Trains & Transportation:

(1) Tobu Museum of Transportation & Culture 東武博物館 (map)
(2) * (Oume) Ome Railway Park and Museum 青梅鉄道公園 (map)
(3) JR East Railway Museum 鉄道博物館 (Tetsudo Hakubutsukan) (map)
(4) Tokyo Metro Museum 地下鉄博物館 (formerly the Subway Museum 地下鉄博物館) (map)
(5) Old Shimbashi Station Railway History Exhibition Hall 鉄道歴史展示室は / 旧新橋停車場鉄道歴史展示室 (map)
(6) History Garage, Car Museum メガウェブ (map)
(8) Tokyu Train & Bus Museum 電車とバスの博物館 (map)
(9) Tamagawa taishō an 玉川大勝庵
(10) Yokohama Municipal Tramway Museum (Yokohama Streetcar Museum / Yokohama Train Museum) 横浜市電保存館
(11) Keio Rail Land 京王れーるランド (map)
(12) Shitamachi Toden Electric Tram Miniature Museum 下町都電ミニ資料館 (map)
(13) Bicycle Culture Center 自転車文化センター (near Meguro station; map)
(14) Usui Pass Railway Heritage Park 碓氷峠鉄道文化むら (Gunma Prefecture; map)
(15) HARA Model Railway Museum 原鉄道模型博物館 (Yokohama; map)
(16) Shinkansen Museum (Rail Museum) 新幹線資料館 (Kokubunji)
See also: TOKYO TRANSPORTATION MUSEUMS 東京の交通博物館

Yokohama History & Culture (and other Yokohama museums):

Cup Noodles Museum カップヌードルミュージアム安藤百福発明記念館
Museum of Yokohama Urban History 横浜都市発展記念館
Kanagawa Prefectural Museum of Cultural History 神奈川県立歴史博物館
NYK Hikawa maru
NYK Maritime Museum 日本郵船歴史博物館
Sogo Museum of Art そごう美術館 (Yokohama; in the Sogo department store) (map)
Yokohama Archives of History 横浜開港資料館
Yokohama Customs Museum 横浜税関美術館
Yokohama History Museum 横浜市歴史博物館
Yokohama Maritime Museum 帆船日本丸・横浜みなと博物館
Yokohama Silk Museum シルク博物館
Yokohama Anpanman Children’s Museum & Mall

Other Museums outside Tokyo:

Kamakura:

Yoh Shomei Museum 葉祥明美術館 (picture book writer)
Kamakura Museum of National Treasures
Kamakura Museum of Literature
The Museum of Modern Art, Kamakura & Hayama (Kamakura gallery) 神奈川県立近代美術館鎌倉館
Kaburaki Kiyokata Memorial Art Museum (Kamakura City) 鎌倉市鏑木清方記念美術館

Yokosuka:

Yokosuka City Cultural Museum 横須賀市自然・人文博物館 (Nature and Humanities Museum Yokosuka) (map)
Verny Park (Verny Commemorative Museum) ヴェルニー記念館 (Yokosuka iron works)
Yokosuka Museum of Art 横須賀美術館

Kofu